Nei começou sua carreira profissional no Bragantino, clube de sua cidade natal, após também ter passado pelas categorias de base do Palmeiras. Após breve passagem no Corinthians, foi atuar pela Ponte Preta, onde teve boas atuações e chegou a figurar entre os melhores na Bola de Prata da revista Placar.
Em 2007, já no Atlético-PR, foi destaque novamente, o que lhe rendeu convocação do técnico Dunga para a Seleção Olímpica, em dezembro. Tornou-se um dos preferidos da torcida pelo seu estilo de garra e dedicação, aliado à capacidade técnica.
O ano de 2008 acabou não sendo bom para Nei. Em agosto, enfrentando o Ipatinga pelo Brasileirão, sofreu lesão grave no joelho direito e levou 11 meses para retornar aos gramados. Voltando a assumir a titularidade em 2009, Nei provou estar totalmente recuperado e virou um coringa do técnico Antônio Lopes, atuando pelas duas laterais e como líbero.
Agora, no Inter, o jogador se firmou com boas atuações na lateral direita. Marcou uma golaço na estreia do time colorado na Libertadores, contra o Emelec.
Clubes:
2006: Ponte Preta-SP
2007-2009: Atlético Paranaense
Desde 2010: Internacional
Títulos:
Libertadores: 2010